Najwyższa Izba Kontroli w raporcie z działalności za 2016 podaje, że mechanizmy rozporządzenia Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 21 października 2010 r. w sprawie wymagań weterynaryjnych przy produkcji mięsa przeznaczonego na użytek własny nie sprzyjają prawidłowemu sprawowaniu nadzoru w tym obszarze. Podmioty obowiązane do przestrzegania tych przepisów naruszały je, czego skutkiem był nielegalny ubój zwierząt i wprowadzanie mięsa do obrotu.

Zdaniem NIK, zwiększenie skuteczności nadzoru sanitarno-weterynaryjnego wymaga reorganizacji właściwych w tym zakresie służb. Wskazują na to ustalenia kontroli dotyczące m.in. nieprzekazywania między organami inspekcji informacji o stwierdzonych przypadkach prowadzenia niezarejestrowanej działalności oraz trwające spory kompetencyjne pomiędzy Inspekcją Weterynaryjną a Państwową Inspekcją Sanitarną w zakresie sprawowania nadzoru nad produktami pochodzenia zwierzęcego. Zmian wymaga także częstotliwość kontroli sanitarno-weterynaryjnych na targowiskach.

Według oceny NIK, kontrole są zbyt rzadkie i nie zapobiegają wykrywaniu sprzedaży mięsa z masowo dokonywanych ubojów gospodarczych cieląt i świń. Do słabości nadzoru i koordynacji działalności inspekcji przyczynia się również rozproszenie jej organów w strukturach rządowej administracji zespolonej.